El 25 de noviembre de 2003 se firma un convenio marco entre el Instituto de Estudios Superiores de Santa Fe (IES), y la Universidad de Concepción del Uruguay (UCU) de la Provincia de Entre Ríos para que a partir del año 2004 funcione en la ciudad de Santa Fe una Unidad Académica de la UCU dentro del marco de su Centro Regional del Río Paraná . Queda establecido que inicialmente se dictarán las Licenciaturas en Nutrición y Sociología y el Ciclo de Licenciatura en Periodismo.
En febrero de 2006 se firma un nuevo convenio entre el IES y la UCU para que a partir de esa fecha el IES gestione la Unidad Académica Centro Regional Rosario de la Universidad de Concepción del Uruguay. Inicialmente se dictan las licenciaturas en Nutrición, Bromatología y Sociología, carreras del área de la educación y carreras del área deportiva.